ساختار تشكيلاتي ستاد مركزي جامعه المصطفي (ص) العالميه از دو بخش اداري و شورايي تشكيل مي شود.بخش اداري شامل معاونت ها، مراكز، دفاتر و ادارات كل مستقل و بخش  شورايي  شامل شوراهايي مي گردد كه رئيس   المصطفي (ص) رياست آن ها را مستقيما بر عهده دارند.بخش هاي زير مجموعه اين قسمت ساختار المصطفي (ص) را تشريح مي كند.