به منظور انسجام بخشيدن به امور اجرايي و سياستگذاري نطام آموزشي، پ‍ژوهشي، تربيتي و نيروي انساني جامعه المصطفي شوراهايي، با عناوين ذيل تاسيس شده است كه از وظايف مهم اين شوراها برنامه ريزي  عالمانه در تمام عرصه هاي علمي مي باشد.

·         شوراي راهبردي و برنامه ریزي

·         شوراي آموزشی

·         شوراي پژوهشی

·         شوراي منابع انسانی

·         شوراي فرهنگی تربیتی

·         شوراي ارتباطات و بین الملل

·         شوراي اداري مالی